Svampeatlas - nu med ny forside og statistikker

Vores faste brugere har næppe kunnet undgå at bemærke at Svampeatlasset har fået ny forside, som præsenterer atlasportalen for udenforstående blandt andet med nøgletal om projektet. Her kan man læse at vores database nu indeholder over 700.000 fund af 7373 svampearter gjort af 1057 rapportører. Desuden kan man finde en uddybende projektbeskrivelse, oprette sig som bruger eller søge på fund af arter. Logger man ind kommer man videre til den sædvanlige infratruktur med personlig side, søgeformular, svampebog og mulighed for at lægge nye fund ind. Den gamle forside på http://www.svampeatlas.dk/ findes stadig, men vil blive nedlagt efter yderligere justeringer af den nye forside. Blandt andet skal vi have lavet en ny infrasstruktur for atlasnøgler, svampehjul mv.

En anden, men mere skjult nyskabelse er en ny side med statistik over aktivitet i svampeatlasset. Siden findes i sidemenuen under "statistik" eller på dette link: https://svampe.databasen.org/metrics
Her kan man få indsigt i aktivitet på atlasset det sidste år. Fx kan man se at svampesæsonen i år toppede i uge 38, hvor der blev indlagt 3455 fund af 860 svampearter. Desuden kan man se at mange deltager i den interaktive fundvalidering. Igennem hovedsæsonen blev der hver uge afgivet mere end 1000 stemmer på svampebestemmelser. De fleste uger har mere end 25 atlasbrugere bidraget til processen, med en top på 54 brugere i uge 42. De sidste uger har der endda været større aktivitet med validering end med rapportering af nye fund, hvilket tyder på der nu bliver ryddet op i gamle hængepartier. Har du lyst til at deltage kan du justere båndet med "fund til validering" ved at skrive sin yngligssvampegrupper ind i feltet "filtrér til artsgruppe(r)" og trykke på "Opdater". Overordnet tyder statistikkerne på at vores model for interaktiv validering er blevet taget vel imod. Tak for det!

Vi arbejder stadig med mindre justeringer og forbedringer af svampeatlasset, som vi vil informere om løbende. Men først vil vi åbne for nomineringer af årests svampefund 2017 - så følg med her og på facebook!

På vegne af atlasgruppen (Tobias Guldberg Frøslev, Jens H. Petersen, Thomas Læssøe,Thomas Stjernegaard Jeppesen og Jacob Heilmann-Clausen)   

Sidste udkald for blæksprutter og tverfarvet ametysthat

I sommers efterlyste vi indsamlinger af tvefarvet ametysthat, ribbestokket rørhat og blækspruttesvamp til franske kolleger, der undersøger populationsstruktur hos disse arter. Vi har modtaget 17 indsamlinger - mange tak for det! Indsamlingerne sendes til Frankrig inden jul. Hvis der er nogen der stadig ligger inde med relevante indsamlinger af de nævnte arter er det derfor sidste udkald. Skriv I så fald en email til undertegnede så jeg ved der kommer mere.

Jacob (Jheilmann-clausen@snm.ku.dk)

Er du klar på klar bævretop?

Vinteren er over os og det tynder ud i hatsvampene. Så længe frosten ikke er slået til, er der dog masser af vedboende bævresvampe, poresvampe og barksvampe at kigge på. Og også epaulethatte mv for den lamelglade. For dem der godt kan lide bævresvampe er der gode muligheder for at finde nye danske arter.

Et nyt studie har nemlig vist at klar bævretop (Myxarium nucleatum) som vi kender den, er et artskompleks som dækker over fire arter i Norden. Indtil videre er kun to af disse kendt i Danmark.

Det er ikke helt nemt at kende de fire arter fra hinanden, men vigtige karakterer er forekomsten af hvidlige korn, frugtlegemets farve og sporernes facon. Derudover er der tilsyneladende økologiske forskelle. Her er et bud på en nøgle for den nysgerrige som gerne vil finde spændende vintersvampe: 

1a) Veludviklede, sammenvoksede frugtlegemer med tydelige indre hvide > 0.4 mm store ugennemsigtige gryn - 2
1b) Veludviklede frugtlegeme helt uden, eller med meget små hvide gryn - 3

2a) Frugtlegemer hvidlige til lyst okker; hvide gryn altid tydelige; sporer pølseformede, 8.5-14 x 3,5-5 µm; på døde grene og stammer af løvtræer, særligt lind; almindelig. -  klar bævretop (M. nucleatum)

2b) Frugtlegemer okker til lyst brune, evt falmende til hvidligt; hvide gryn kun tydelige i sammenvoksede frugtlegemer;  sporer pølseformede, 10-16 x 4-6 µm; på løvtræ, antageligt almindelig  men sammenblandet med ovenstående - ”grynet bævretop” (M. hyalinum)

3a) Sporer smalt pølseformede, 9-14 x 3-5 µm, gnmst. Q = 2.7-3; frugtlegeme < 15 mm bredt, hvidligt til gulligt, uden makroskopisk synlige gryn; på dødt ved af løvtræer, særligt bævreasp; ikke kendt fra DK. - M. populinum
3b) Sporer pølseformede, 10-14 x 4-6 µm, gnmst. Q = 2.4-2.5; frugtlegeme < 8 mm bredt, hvidligt til gulligt, uden makroskopisk synlige gryn; på døde, ofte enendu fastsiddende grene af løvtræer, typisk i ar fra kernesvampe; ikke kendt fra DK - M. cinnamomescens


Link til artiklen findes her: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/njb.01601/epdf

44.500 Museums-laver nu i Svampeatlas

44.500 indsamlinger af danske laver fra Statens Naturhistoriske Museum er nu gjort tilgængelige på Svampeatlas.

Det har taget to år og rigtig mange mandetimer at gennemgå og digitalisere museets samlinger. Alle indsamlinger er blevet forsynet med entydige stregkoder som de kendes fra varer i supermarkedet, og etiketternes oplysninger er aflæst og overført til en database, der nu er fusioneret ind i Svampeatlas.

Hermed er taget det første vigtige skridt mod at samle vores viden om de danske lavers forekomst i én database og at gøre denne viden tilgængelig. Ligesom det gælder for øvrige fund i Svampeatlas er de mange lavfund internationalt tilgængelige via den globale biodiversitetsfacilitet (GBIF), som synkroniseres med Svampeatlas en gang om ugen. Fremover vil der blive arbejdet på at inkludere også alle trykte kilder til lavers forekomst i Danmark.

Projektet, der også inkluderer en hjemmeside på SNM med links til den danske likenolog Olaf Galløes illustrationer af danske laver, er støttet af 15. juni Fonden.

Ulrik Søchting og Christian Lange

Svampeatlas 2.0 - nu med bedre mulighed for at dele fund

Siden starten af November har vi haft glæde af at kunne trække på Thomas Stjernegaard Jeppesen - programmøren bag Svampeatlas.dk / svampe.databasen.org. Og i går kunne vi så lancere vores nye system til forbedret interaktion, som vi håber I vil tage godt imod.

Når man er logget ind på svampeatlasset vil man nu se et lille ikon med en klokke ligesom det kendes fra facebooks messenger, på LinkedIn og mange andre steder. Ovenpå dette kan der være en lille rød cirkel med et tal på, som indikerer at der er sket et eller andet med de fund man har noget at gøre med. Hvis man klikker på cirklen kan man se sine notifikationer.

Du får notifikationer, for fund som du følger, hvilket sker automatisk hvis:

• du er finder eller indtaster på et fund
• du har kommenteret et fund
• du har foreslået en bestemmelse til et fund
• nogen har “nævnt” dig i en kommentar til et fund

Notifikationerne kommer hvis:

• nogen har kommenteret et fund du følger
• nogen har nævnt dig i en kommentar til et fund
• et fund du følger er blevet stemt op > 80 (godkendt)
• et fund du følger er blevet ekspert-godkendt

For at “nævne” folk i en kommentar trykker man @ og så dukker en liste over brugere op. Eksempelvis @jhp eller @ulrik (både navn og initialer virker).

Hvis man ikke længere ønsker notifikationer fra et fund, er der en knap med en klokke med en streg over - den sletter dit “abonnement” på fundet. Hvis du interagerer med fundet igen senere, bliver du på ny “abonnent”.

På vegne af atlasgruppen - Thomas Læssøe, Tobias Guldberg Frøslev, Jens H. Petersen og Jacob Heilmann-Clausen

Efterlysning af indsamlinger til videnskabeligt studie

Nogle franske kolleger er meget interesseret i indsamlinger af tvefarvet ametysthat (Laccaria bicolor), blækspruttesvamp (Clathrus archeri) og ribbestokket rørhat (Aureoboletus projectellus) til studier af disse arters populationsstruktur. Send meget gerne tørret matweriale til undertegnede:

Jacob Heilmann-Clausen

Center for Makroøkologi, Evolution og Klima

Statens naturhistoriske Museum

Universitetsparken 15
DK-2100 København Ø

Denmark

Velkommen til Svampeatlas 2.0 – nu i endelig version

For ca. et år siden lancerede vi Svampeatlas 2.0 beta, den nye portal om svampefund i Danmark. Siden er der kommet utallige opdateringer, småjusteringer og helt nye funktioner. Thomas Stjernegaard Jeppesen har været IT-arkitekt og programmør på opgaven, mens vi andre i atlasgruppen (Thomas Læssøe, Tobias Guldberg Frøslev, Jens H. Petersen, Jacob Heilmann-Clausen og på det seneste også Ulrik Søchting) har givet løbende input og feedback. Også mange brugere har givet deres besyv med, enten direkte til Thomas, eller med os andre som mellemled. Det har været super nyttigt og konstruktivt, selvom vi ikke har kunnet indfri alle gode ideer i praksis. Vi betragter nu Svampeatlas 2.0 som færdigudviklet som portal til indlæg og fremsøgning af svampefund. Der vil helt sikkert komme mindre justeringer fremover, ligesom vi vil arbejde på at integrere nye bestemmelsesværktøjer i portalen. Vi er derfor stadigt meget interesserede i input. Send en mail til . Nedenfor kommer en liste over nye funktionaliteter som vi vist ikke tidligere har meldt ud, eller som bare er gode at få nævnt igen:  

1. Visning af antal fund, arter mv i 10 x 10 km UTM-felter er nu (gen)oprettet, så man kan plnlægge svampeture i dårligt undersøgte områder. Har sit eget menupunkt under ”Søg i svampeatlas”
2. Man kan nu selv oprette en brugerprofil, vælge password mv her: https://svampe.databasen.org/signup . Har man brug for fx at opdatere password eller e-mail kan man gøre dette under ”indstillinger” under ”bruger” i venstre side af portalen. Her kan man også vælge at have en ren lavprofil i sine søgninger, hvis man ikke er til hatsvampe mv.  
3. Deling af fund, fx på Facebook eller i en e-mail er nu super nemt. Klik på de tre forbundne punkter i fundvisning oppe i højre hjørne
4. Funktion til udskrivning af kapsler er nu (gen)oprettet – klik på de tre ikke forbundne prikker i øverste højre hjørne på fundvisning.
5. Samme sted er der mulighed for at kontakte en validator, fx hvis et fund er blevet fejlbestemt i det automatiske valideringssystem, eller der på anden måde er forhold der kræver opmærksomhed fra atlasgruppen.
6. Samme sted er der også mulighed for at klippe en fundreference, hvis man har brug for det.
7. Der er oprettet en ny søgefunktion, hvor valideringskrævende fund kan fremsøges. Et godt supplement til valideringsbjælken øverst, hvor man kan se fund uden fotos der har brug for input.

Tjek det ud og kom som nævnt gerne med input og forslag til atlas@svampe.dk eller jheilmann-clausen@snm.ku.dk

Med færdiggørelsen af Svampeatlas 2.0. har Thomas Stjernegaard Jeppesen afsluttet sin ansættelse under projektet, og han er per 1 Juni ansat ved GBIF (Global Biodiversity Information Facility), hvor han skal arbejde med data om arter på global skala. GBIF har kontor i bygningerne ved Statens Naturhistoriske Museum, så han er fysisk stadig meget tæt på os andre i atlasgruppen, og han har lovet fortsat at vedligeholde systemet når der er behov for det. Desuden har vi en aftale om at han skal arbejde en måned på Svampeatlas til november så vi kan få opdateret systemet mere overordnet baseret på erfaringer fra den forestående svampesæson. Vi ser frem til at stress-teste vores system

På vegne af Atlasgruppen

Jacob heilmann-Clausen

Interaktiv validering - bagom systemet

Siden februar har Danmarks Svampeatlas gennemgået en række større forandringer med fokus på at inddrage bruger-kompetencer så langt det er muligt. Systemet er nu indrettet sådan at det inddrager alle de kompetencer vores brugere har – og ikke længere kun på nogle få udvalgte eksperter med  validator-rolle. I det gamle system kunne man kommentere på andres fund og bestemmelser – nu kan alle være aktive i forhold til at foreslå bestemmelser på indlagte fund og ved at stemme for andres forslag. Det hele i et interaktivt system som vi håber I vil tage godt i mod . Vi har forsøgt at gøre det nye system attraktivt og nemt at tilgå ved at lave et valideringsbånd øverst på startsiden, hvor man kan se fund med fotos der har brug for stemmer for at blive godkendt. Fund uden fotos der mangler stemmer skal fremsøges vha. de sædvanlige knapper.

I det nye system skelner vi mellem fund og bestemmelser:

Et fund vedrører en observation af en arts-forekomst (typisk et mycelium med frugtlegemer) på en lokalitet en bestemt dag. Der kan godt være mere end én finder på et fund, hvis man er på tur sammen. Dette kan angives både når man lægger fundet ind, men også efterfølgende, hvis man trykker på det lille ”+” ved ”findere” på fundvisningen. Man kan også tilføje fotos til fund der allerede er lagt ind af andre. Vi anbefaler stærkt at hvert fund fra en fælles tur kun indlægges én gang – det giver meget mere pålidelige data. Ser man den samme art  (fx en sjælden art) på flere mycelier eller på forskellige træarter, må i fortsat meget gerne lægge flere fund ind fra den samme tur og klart angive at det drejer sig om forskellige mycelier.

En bestemmelse er et bud på hvilken art et fund repræsenterer. Et fund kan godt have mere end en bestemmelse. Den første bestemmelse kommer typisk fra den person der lagt fundet ind, måske som ”ubestemt svamp”, mens senere bestemmelser kan tilføjes både af finderen selv og alle andre registrerede brugere. De forskellige bestemmelser tildeles en sandsynlighed baseret på en række forhold som beskrives nærmere nedenfor. Den bestemmelse som har den højeste sandsynlighed vises som den gældende. Når man kommer med bud på en bestemmelse kan man angive hvor sikker man er i sin sag.

·         Jeg er helt sikker - bruger din score i gruppen + tillæg for hvert godkendt fund du har i gruppen

·         Det er sandsynligvis denne art - giver 90% af din score, men uden tillæg for godkendte fund

·         Det er muligvis denne art - giver 50% af din score, men uden tillæg for godkendte fund

Man kan ændre den angivne sikkerhed efterfølgende på fundvisningen, fx hvis man har tjekket sit fund mod den store svampebog eller  i mikroskopet efter at være kommet hjem fra svampeturen

En stemme er din mulighed for at erklære dig enig i en allerede foreslået bestemmelse. Man aktiverer sin stemme ved at trykke på ”thumps up” symbolet under ”bestemmelser”, hvorefter symbolet skifter farve fra sort til grøn. Fortryder man, trykker man på symbolet igen og det skifter tilbage til sort. Når man stemmer på andres bestemmelser vil man opleve at det i nogle tilfælde øger sandsynligheden af bestemmelsen. I andre tilfælde sker der ingen ændring. Forklaring følger nedenfor.

Enhver forslået bestemmelse tildeles en sandsynligheds-score baseret på en række kriterier der knytter sig dels til den forslåede art og den bruger der foreslår bestemmelsen:

Denne score kan opnå værdier mellem 1 og 100. I søgeresultater vises sandsynligheds-scoren i tre overordnede kategorier:

·         Godkendt (score over 80)

·         Sandsynlig (score mellem 50 og 80)

·         Forslag (score mellem 1 og 50)

I beregningen indgår:

·         Artens sjældenhed baseret på hvor mange fund der i forvejen findes i databasen (”taxon-vægt”).

·         Den geografiske udbredelse for arten (”geografisk modifikator”)

·         Artens fænologi (”årstids-modifikator” f.eks. vil mange mykorrhiza-svampe få en lav sandsynligheds-score om foråret)

·         Brugerens tidligere godkendte fund af arten (”bruger-arts-score”)

·         Brugerens generelle erfaring i artsgruppen (”bruger-formgruppe-score”)

·         Hvor sikker brugeren mener bestemmelsen er (se ovenfor)

Når man stemmer på en allerede foreslået bestemmelse er det kun de tre nederste scorer der indgår. Hvis du stemmer på en art du aldrig tidligere har indlagt godkendte fund af, og som tilhører en formgruppe, hvor du heller ikke har fundet andre arter, er din score 0. I dette tilfælde har din stemme derfor ingen effekt på sandsynlighedsscoren. Omvendt har din stemme stor vægt i en gruppe, hvor du har mange godkendte fund i atlas.  Alle scorer, vægte og modifikatorer beregnes dynamisk baseret på data i Svampeatlas, og lægger du fund ind som efterfølgende godkendes ændres din personlige score hurtigt. Systemet gør at du automatisk får mere og mere vægt i de svampegrupper du er interesseret i og har forstand på. Kigger du fx meget på skørhatte og har mange godkendte fund af mange arter får du meget større vægt når du foreslår alternative bestemmelser eller stemmer på andres.  Der er i øjeblikket defineret mere end 100 formgrupper af svampe i Danmarks Svampeatlas. Vi er ikke 100 % færdigt med at afgrænse disse formgrupper (især sæksvampene er en stor opgave), og de kan indtil videre kun findes hvis man forsøger sig lidt frem i ”valideringsbåndet” øverst i gallerivisningen når man logger ind på svampeatlasset.

Det nye system betyder, at det er ukonstruktivt at antyde at folks bestemmelser er forkerte i kommentarerne til de enkelte fund. Det kan virke demotiverende for mange af de nye kræfter vi gerne vil have sat i spil. Det er meget bedre at foreslå en alternativ bestemmelse, gerne med en konstruktiv kommentar, som kan gøre folk klogere. Men brug meget gerne stadig kommentarfeltet til at bede om yderligere oplysninger om fundene, hvis dette kan hjælpe med en sikker bestemmelse.

Vi arbejder stadig med justeringer af systemet, så har du input hører vi meget gerne om det - send meget gerne en email til jheilmann-clausen@snm.ku.dk

På vegne af atlasgruppen

Svampeatlas offline fra kl 23 i aften til fredag kl 12 pga opgradering

Fra i aften torsdag d. 30.3 kl 23 og til i morgen fredag d. 31.3 kl 12 vil svampeatlas være offline. Der kommer en opdatering i morgen som kræver en større data-processering som køres i nat.

Svampeatlas - nu med interaktiv validering

Som nogle af jer sikkert har bemærjet, har vi I løbet af de sidste to uger lanceret et helt nyt koncept for fund-validering i Danmarks svampeatlas, hvor alle brugere kan give deres besyv med. Det har været et stort arbejde at udvikle systemet, og vi har været meget spændte på hvordan det ville fungere i praksis. Den sidste uge har vist at systemet - sagt på godt jysk - fungerer rimelig godt, selvom der endnu er nogle mærkværdigheder at rette op på. Og flere kommer sikkert til efterhånden som vi lærer systemet bedre at kende.

I det gamle system var alle arter kodet med krav til validering: Nogle arter gik glat igennem uden krav til dokumentation, mens andre krævede fotos, beskrivelser, eller at man sendte tørret materiale til tjek hos en af eksperterne i projektet. Det sidste var et levn fra det gamle Svampeatlas (som kørte i perioden 2009-13), hvor vi havde ressurcer til at tjekke tusindvis af tørrede svampe. I det nye system får en bestemmelse automatisk en sandsynligheds-score på mellem 1 og 100 baseret på artens sjældenhed og forekomstmønster, samt brugerens erfaring med den aktuelle art og artsgruppe. Siden kan andre brugere erklære sig enige i den foreslåede bestemmelse, og dermed øge sandsynlighedsscoren, eller de kan komme med et alternativt bud på en bestemmelse. Man kan også selv komme med alternative forslag til bestemmelse af egne fund. I det nye system kan hvert enkelt fund med andre ord have flere konkurrende bestemmelser med hver sin sandsynlighed. Ved listevinsning på atlasportalen viser vi den bestemmelse der har den højeste sandsynlighedsscore med 1-3 stjerner:

*** Godkendt (score over 80)

** Sandsynlig (score mellem 50 og 80)

* Forslag (score mellem 1 og 50)

Hvis der findes alternative forslag til bestemmelser kan de ses, hvis man åbner det enkelte fund.

Med det nye system har vi ophævet det hårde skel mellem eksperter og brugere, og gjort valideringsprocessen interaktivt. Alle brugere kan deltage som validatorer baseret på deres erfaring, som dokumenteret ud fra godkendte fund i Svampeatlas. Vi har opdelt de danske svampe i over 100 pragmatiske grupper (eksempler er vokshatte m.fl., hatdannede poresvampe og køllesvampe), og en ihærdig bruger kan hurtigt blive ekspert i sin egen ynglingsgruppe af svampe. Vi er endnu ikke helt færdige med at definere disse grupper, især udenfor basidiesvampene, men de vil snart kunne fremsøges i atlasset. Vi har dog bibeholdt ekspertrollen foreløbigt, så vi er stadig en lille gruppe af eksperter der kan trumfe en bestemmelse igennem, fx hvis der er tale om en ny art for Danmark, stor kontrovers eller hvor systemet endnu ikke fungerer efter hensigten. En bestemmelse der er valideret på denne måde er fremhævet med et lille mikroskop, fremfor med en til tre stjerner

En hjælpevideo til det nye system kan findes her: http://quick.as/bp7qtngeg

og en mere detaljeret beskrivelse af beregingskonceptet kan læses her: https://svampe.databasen.org/validation

Vi håber I vil tage godt imod det nye system - husk at spørgsmål med fordel kan stilles i vores facebook gruppe - https://www.facebook.com/groups/svampeatlas/?fref=ts, eller som svar til dette blog-indlæg

mvh Atlasgruppen (Tobias Guldberg Frøslev Jacob Heilmann-Clausen, Thomas Stjernegaard Jeppesen, Thomas Læssøe og Jens H. Petersen)

Atlasbasen lukkes i morgen 9-15

I forbindelse med en større opdatering af vores databaser og software lukkes svampeatlas for indlæg og søgning af fund i morgen mellem 9-15. Vi glæder os til at komme online igen, forhåbentligt med forbedret funktionalitet

Nye og opdaterede bestemmelseshjul

Så er vinterens nye og reviderede hjul uploadet her. Der er både nye hjul til bugsvampene samt opdateringerne af resten af basidiesvampene uden lameller.



Der er også kommet mere realistiske sidetal på hjulene, fx stinksvampene, der nu ligger på side 1224 i det kommende værk.



Nu skal vi lige have layoutet sæksvampene (til side 1700), skrevet teksterne, samlet det hele, korrekturlæst og oversat til engelsk – så er vi trykklare :-)

Flere arter med beskrivelse, forvekslingsmuligheder mm.

I en fælles indsats mellem Svampeatlas og Jens og Thomas' bogsatsning for Gyldendal (se her) produceres der i øjeblikket tekster til over 2000 danske arter i svampeatlas.

Allerede nu er der tekster til over 1200 arter og der skrives nye i en stadig strøm. Særlig afsnittet om forvekslingsmuligheder bør være interessant for brugerne af atlasset, idet vi her forsøger at give en kritisk bedømmelse af de problemer med som bestemmer står overfor.

Find teksterne enten via linket "Danske arter" fra indtastningsportalen eller fra forsidens link "Søg efter danske arter". Vi håber at blive færdig med første gennemskrivning til sommer.

nedlukning mandag d. 23 jan grundet softwareopdatering

serveren lukker ned i tidsrummet 9-13 mandag d. 23 da Thomas SJ lige skal have opdateret diverse sager :-)